בעוד הממשלה מדברת גבוהה־גבוהה על חיזוק ירושלים, דווקא משרדי הממשלה ממשיכים לנסות להעביר את עובדיהם אל מחוץ לבירה. הדוגמה האחרונה היא של משרדי המדען הראשי, שיעברו בקרוב מירושלים למשכן זמני על כביש מספר אחת.
הסיבה למעבר של המדען הראשי, השייך למשרד הכלכלה, היא איחוד של משרדי המדען עם מרכז התעשייה הישראלית למחקר ופיתוח (מתימו"פ), כחלק מהקמת הרשות הלאומית לחדשנות טכנולוגית. על פי החלטת הממשלה, המשרדים הקבועים של הרשות החדשה יהיו בירושלים, אבל בינתיים ייפתחו משרדים זמניים מחוץ לעיר. מדובר אומנם במספר לא גדול של עובדים שיעזבו את הבירה, אבל בעיריית ירושלים מייחסים חשיבות רבה לנוכחות של המדען הראשי בעיר, כיוון שהוא תורם לפיתוחה הכלכלי.
במכתב ששלח סגן ראש עיריית ירושלים עופר ברקוביץ (התעוררות) למשרד הכלכלה הוא טען כי העברת משרדי המדען הראשי תפגע בעיר, והסביר: "אנו בעיריית ירושלים מקדמים מהלכים בשותפות עם ממשלת ישראל לפיתוח התעשייה הטכנולוגית בעיר. במסגרת תוכנית החומש הבאה, תוכנית 2020, יושקעו משאבים רבים בתחום על מנת לייצר משרות איכותיות רבות ולפתח תעשיית היי־טק רחבה בעיר. הוצאת המדען הראשי מירושלים איננה עומדת בקנה אחד עם הפעולות הללו".
במכתבו גם התלונן ברקוביץ על עיתוי המעבר. "דווקא בימים שבהם העיר עוברת משבר ביטחוני לא פשוט, צריך להדגיש כי עוצמתה וחסינותה של ירושלים תלויות בחוסנה הכלכלי", הוא כתב. "העברת המדען מחוץ לירושלים תפגע שוב במעמדה כעיר הבירה וכמרכז הכובד הממשלתי שלה".
במאי 2007 התקבלה החלטת ממשלה להעביר לירושלים את כל יחידות הממשלה הפועלות מחוץ לעיר הבירה בתוך שמונה שנים. מבקר המדינה בדק את הנושא ומתח ביקורת על כך שלא ננקטו פעולות ליישום ההחלטה ולא הוצע תקציב למימוש המעבר, ולפני שנתיים האריכה הממשלה את מועד ביצוע התוכנית לשנת 2018. בירושלים זועמים: לא רק שההחלטה לא מיושמת, בשנים האחרונות עזבו את העיר כמה גופים ממשלתיים, ובהם מטה ישראל דיגיטלית השייך למשרד ראש הממשלה ואגף חירום במשרד התקשורת. כמו כן נציבות הביקורת החדשה על הפרקליטות, השייכת למשרד המשפטים, מוקמה בתל־אביב. בסך הכל, על פי נתוני תנועת "התעוררות", פועלות כיום יותר מ־60 יחידות ממשלתיות מחוץ לירושלים, והעברתן לירושלים תוסיף לעיר כ־4,000 מקומות עבודה.
ממשרד הכלכלה נמסר בתגובה: "הנושא נדון בוועדת כספים בעת שדנה בתיקון לחוק המאפשר את קיום הרשות הלאומית לחדשנות טכנולוגית. על פי התיקון לחוק המו"פ, קיבלה הרשות ארכה של שלוש שנים להעברת משרדיה לירושלים. הרשות מורכבת מ־74 עובדי מתימו"פ שיושבים כיום בתל־אביב וכ־22 העובדים בירושלים".
