שנה מאז הסכם הגרעין בין איראן למעצמות המערב, המחלוקת בין ישראל והממשל האמריקאי בסוגיה זו לא תמה. הפעם מי שיצא נגד עמדת הממשל הוא שר הביטחון אביגדור ליברמן, שערב החתימה על הסכם הסיוע הביטחוני עם ארה"ב השווה את הסכם הגרעין להסכם מינכן, והכריח את לשכת ראש הממשלה לפרסם הודעה תיקון מרוככת.
תחילתו של הפרק הנוכחי במשבר בנאומו של הנשיא אובמה בלילה שבין חמישי לשישי, במלאת שנה להסכם הגרעין. בנאום, שאובמה נשא בזמן ביקורו של הרמטכ"ל גדי איזנקוט בוושינגטון, הוא טען כי ישראל וגורמי המודיעין שלה מודים שהוא שינה את כללי המשחק ומיושם בשטח. "מעניין אותי למה אותם אלה שחזו אסונות לא אומרים 'אתם יודעים מה? זה עובד'", סנט אובמה בראשי הממשל בישראל. "זה יהיה מרשים אם כמה מאלה שאמרו שהשמיים ייפלו יגידו 'טעינו, אנחנו שמחים שלאיראן אין יכולת לייצר נשק גרעיני'".
בהודעה שפירסם משרד הביטחון נאמר: "מערכת הביטחון הישראלית סבורה כי להסכמים יש ערך אך ורק אם הם מבוססים על מציאות קיימת, ואין להם כל ערך אם העובדות בשטח הפוכות לגמרי מאלו שההסכם נשען עליהן. הסכמי מינכן לא מנעו את מלחמת העולם השנייה ואת השואה, משום שמנהיגי העולם דאז התעלמו מן הדברים המפורשים של היטלר ושל שאר מנהיגי גרמניה הנאצית. הדברים הללו נכונים גם לגבי איראן, שמודיעה בפירוש ובריש גלי כי מטרתה היא השמדת מדינת ישראל. הסכמים מסוג זה שנחתם בין המעצמות לבין איראן אינם מועילים אלא רק מזיקים למאבק בלתי מתפשר שיש לנקוט מול מדינת טרור כמו איראן".
במערכת הביטחון הסבירו שהסיבה לכך שמשרד הביטחון הוציא את ההודעה ולא לשכת השר ליברמן, כפי שמקובל, נעוצה בכך שאובמה אמר שמערכת הביטחון הישראלית כולה מכירה בהסכם.
נוסח הדברים והעיתוי שבו נאמרו עוררו ביקורת חריפה וגרמו לבכירים בירושלים להודיע כי הודעת משרד הביטחון לא הייתה מתואמת עם לשכת ראש הממשלה. גורמים בכירים בלשכה התקשרו לשגריר האמריקאי דן שפירו ומסרו לו הבהרות, וביום שישי בערב פירסמה לשכת רה"מ הודעה בניסיון למזער נזקים: "עמדת ישראל בסוגיית ההסכם עם איראן נותרה כשהייתה, אך רה"מ נתניהו מאמין בתוקף שלישראל אין בעלת ברית חשובה יותר מארה"ב. כפי שנתניהו פירט בנאומו בעצרת האו"ם בשנה שעברה, חשוב כעת שגם אלה שהסכימו וגם אלו שהתנגדו ישתפו פעולה להשגת שלושה יעדים: לוודא שאיראן אינה מפרה את תנאי ההסכם, להתמודד עם התוקפנות האזורית של איראן ולפרק את רשת הטרור העולמית של איראן. נתניהו מצפה כי יעדים אלה יהפכו למדיניות משותפת ולהמשך חיזוק הברית בין ישראל לבין ארה"ב".
אמש חזר השר צחי הנגבי, מהשרים המקורבים ביותר לנתניהו, על הביקורת העקרונית של משרד הביטחון, אם כי בחר בטון מרוכך הרבה יותר. "אין יסוד לגישת הממשל שלפיה העובדה שאיראן מיישמת את הסכם הגרעין מלמדת על הצלחתו", אמר ל"ידיעות אחרונות". "לאיראן אין כל סיבה להפר אותו בהיותו הסכם המשרת את כל מטרותיה. גם האמירה של הנשיא אובמה בדבר תמיכת גורמי ביטחון ישראליים בהסכם אינה מדויקת. הממסד הביטחוני בישראל מודע לכך שההסכם דוחה את התעצמותה הגרעינית של איראן לפחות בעשור, אולם בתום תקופת ההסכם תהיה איראן משוחררת מכל המגבלות שחלות עליה ותעמוד בתוך זמן קצר על סף התחמשות בנשק גרעיני".
