אחת ההחלטות המזעזעות והשערורייתיות ביותר של בית המשפט העליון הייתה שחוות דעתו של היועץ המשפטי מחייבת את הממשלה, גם כאשר היא שגויה, ולממשלה ולשריה אין זכות ייצוג בבית המשפט. הזכות היא ליועץ המשפטי. רוצה – מייצג את הממשלה. אינו רוצה – איננו מייצג אותה. הוא אף רשאי לאסור על הממשלה ושריה להיות מיוצגים בכלל. כך הפך היועץ המשפטי לסותם פיות מוסמך, שבכוחו לשלול מכל בעל תפקיד ברשות המבצעת את הזכות להיות מיוצג בבית המשפט. כך נוצר האבסורד שגזל מהממשלה את זכות הטיעון, הנתונה לכל אדם ואף לכל עבריין. עמדה זו של העליון, שנקבעה ב־1993 במסגרת המהפכה המשפטית, הייתה מנוגדת למסורת המשפטית ששררה בעבר. היא גרמה לערעור שלטון המשפט ולהחלפתו בשלטון המשפטנים, תוך פגיעה בכללי יסוד של זכויות אדם, בחופש הביטוי ובזכות להליך הוגן.
הסוגיה שבה ועלתה בעקבות עתירה לבג"ץ נגד השר אופיר אקוניס בשל סירובו למנות את פרופ' יעל אמיתי לחברה במועצת הקרן גרמניה־ישראל למחקר. היועץ המשפטי החליט שאקוניס חייב למנות את אמיתי, ולפיכך תמך בעתירה שהוגשה נגדו והתנגד לכך שיהיה מיוצג על ידי עורך דין מטעמו. אבל אקוניס ביקש לייצג את עצמו, להגיש תצהיר ולהעלות את טענותיו. בג"ץ איפשר לו לעשות זאת, ובכך אושר לאקוניס בפועל – נגד עמדת היועץ המשפטי – ייצוג נפרד, אמנם לא על ידי עורך דין אלא על ידי עצמו.
פסק הדין החשוב והמעמיק ביותר ניתן על ידי השופט אלכס שטיין, שהסתמך על פסיקה קודמת של השופט נעם סולברג. שטיין פתח בציטטה מספרו של ג׳ון סטיוארט מיל "על החירות", שלפיה "השתקתה של הבעת דעה שודדת את הגזע האנושי". הוא הוסיף ש"הליך משפטי אשר משתיק את אחד מבעלי הדין ומונע ממנו את ההזדמנות להשמיע את טענותיו איננו הליך ראוי – להליך כזה לא נוכל לקרוא בשם 'משפט' אפילו ברמה מושגית הכי בסיסית". לכך ניתן להוסיף שאם בית המשפט איננו שומע את מלוא הטיעון האפשרי, קיים סיכון שהדבר יגרע מאיכות פסק הדין ומרמתו. יתר על כן, "חוק יסוד: הממשלה" קובע כי "הממשלה היא הרשות המבצעת של המדינה". משמע: עמדת הממשלה היא עמדת המדינה. הקביעה שלפיה היועץ המשפטי – ולא הממשלה – הוא המבטא את עמדת המדינה סותרת את הוראת חוק היסוד.
נציגי היועץ המשפטי טענו שיש לקבל את העתירה ולחייב את אקוניס למנות את אמיתי. אולם לאחר שמיעת דבריו של השר אקוניס החליט בג"ץ ברוב דעות לדחות את עמדתם. היועץ המשפטי ספג מפלה, וכך התברר שהמלך הוא עירום, וכי זוהי שגיאה לקבל את עצותיו בעיניים עצומות ולהשתיק עמדות החולקות עליו. החלטת אקוניס שלא למנות את אמיתי אמנם בוטלה, אך הוא לא חויב למנותה אלא העניין הוחזר לו לשיקול מחדש. הוא זכה, אפוא, בניצחון חלקי. לי נראה שראוי למנותה, אך זו שאלה נפרדת משאלת הייצוג והזכות להשמיע דעה נוגדת.
הנושא צריך היה להיפתר באמצעות חקיקה שתבהיר כי חוות דעת היועץ המשפטי איננה מחייבת את הממשלה, וכי הממשלה ושריה זכאים לייצוג והיועץ המשפטי איננו זכאי לסתום את פיהם. למרבה הצער, עניין חיוני זה לא טופל בתקופת כהונתו הארוכה של נתניהו בראשות הממשלה. √
