שני נושאים העסיקו את צה"ל מהרגע שנחשפו בו למעשיו של הקצין מאגף המודיעין: הנזק שגרם, והמניע. בהתאם לכך גם התנהל הדיון בתביעה הצבאית לגבי הענישה הראויה. בשלב הגישור בין הצדדים – בניגוד לפרסומים שונים – לא הוצג לסנגורו של הקצין, עו"ד בני קוזניץ, העונש שיתבקש, אולם בפרקליטות הצבאית דנו במתחם ענישה שנע בין 8 ל־12 שנים, וזאת על אף שלא היה מקרה דומה בעבר אלא בהסתמך על עבירות דומות שמהן גזרו את העונש הרצוי מבחינתם. הקצין, שלקח אחריות על מעשיו, ידע שהוא צפוי לשבת בכלא תקופה ארוכה.
רבים מהפרטים בפרשה עדיין נאסרו אתמול לפרסום על ידי הצנזורה, אך ניתן לומר שהקצין הודה מיד במיוחס לו, לא ניסה להסתיר דבר, ושיתף פעולה באופן מלא, וכמו שאמר שלשום הרמטכ"ל, אביב כוכבי, דליפת הסוד נבלמה בדקה ה־90.
במהלך מעצרו הועבר הקצין מכלא 6 לכלא 10 החדש, והאסירים שהיו בו נבחרו בקפידה על ידי הגורמים הרלוונטיים. גורמים שבקיאים בפרשה סיפרו כי הקצין נמנע מלשתף את האסירים במעשיו למרות שאלותיהם והקפיד לשמור על סודיות לגבי נסיבות מעצרו. כל מי שהיה איתו במגע בכלא אמר שלא הביע כוונות אובדניות כלשהן. עם זאת, בקשתו לעבור למתחם אחר בכלא שבו הוחזקו אנשי קבע נדחתה, בשל העובדה שהיו שם עבריינים כבדים.
לפי אותם גורמים צבאיים, במהלך שהותו בכלא קיבל הקצין את זכויותיו כנדרש. הוא לא הוחזק בבידוד, וישב תחת שמו המלא. ככל כלוא, הוא זכה לטיפול רפואי שוטף ולליווי של גורמי בריאות הנפש. בני משפחתו ביקרו אותו בבסיס הכליאה והיו עימו בקשר שוטף, וגם גורמים מאגף המודיעין ביקרו אותו כמה פעמים. הוא גם הקפיד לקרוא ספרים רבים.
במהלך מעצרו, כמו אסירים רבים אחרים, נטל הקצין כדורים שונים נגד חרדה ודיכאון, אבל בשלב זה לא ברור כיצד אגר כמות רבה של כדורים. בלילה שבין ה־16 ל־17 במאי, בזמן ימי מבצע שומר החומות, מתאר מי שצפה בסרטון ממצלמות הכלא כיצד בשעה 23:40 הוא בלע ארבעה כדורים שונים, שבסופו של דבר גרמו למותו.
מתוצאות נתיחת גופתו, שהועברו לפרקליטות הצבאית, עולה שעל גופו לא נמצאו חבלות, אך בדמו נמצאו תרופות אנטי־פסיכוטיות ותרופות נוגדות דיכאון.
בצה"ל ממתינים לתוצאות סופיות לגבי הימצאותם של חומרים נוספים בדמו של הקצין, שעלולים היו לגרום למותו, אך גורם בכיר מודה: "לא שמרנו עליו טוב, זה נכון. אסור שחייל או קצין שלנו ימות בכלא, אבל באותה נשימה אני אומר שמי שבאמת רוצה להתאבד, לצערי ימצא את הדרך. זה לא פוטר אותנו מאחריות, ולכן הקמנו ועדת בדיקה חיצונית וממצאיה יפורסמו בקרוב". כעת נותר לפענוח נושא המניע: צה"ל הסיר מהפרק את נושא הריגול ואת הנושא הכלכלי ומדבר על עניין אישי שגרם לקצין לחבל בעבודה ולגרום נזק. מי שמצוי בפרטים אומר שלא ראו סימנים מעידים חריגים, ושלהגיד שמבנה האישיות שלו קצת חריג – גאון עם אישיות ילדותית – זה משהו שניתן לומר על חצי מהיחידה שבה הוא משרת. קצין נורמטיבי ממשפחה ערכית־ציונית, שמשהו גרם לו לפעול באופן קיצוני ולגרום נזק אדיר, במודע, במיוחד לקצינים שאיתם עבד: מדוע רצה לפגוע בהם? האם רצה להעצים את פעילותו? האם רצה לקבל פרויקטים נוספים שלא קיבל? אולי פגע במאמצים של אחרים כדי להאדיר את עצמו? יש לא מעט השערות, אבל נראה שהתשובה היא בתחום הנפש.
שני דברים מעניינים קרו אתמול: צה"ל הודיע שאין מניעה ביטחונית לפרסום שמו ותמונתו של הקצין, ושאיסור פרסום הפרטים בשלב זה הוא לבקשת המשפחה. במשפחה הגיבו בזעם: "ההודעה מנוגדת לסיכומים. דובר צה"ל שכח שאנחנו לא בשנות ה־80', וכמו שאי אפשר להעלים אף אדם כך אי אפשר לתדרך עיתונאים ולפרסם הודעות בלתי אחראיות", מסרה המשפחה באמצעות עו"ד קוזניץ. "תוכן ההודעה מנוגד לסיכומים עם הפרקליטות, שכן הסיכונים הביטחוניים שבפרסום עדיין לא נבחנו על ידי אגף המבצעים". הדבר השני הוא שבאגף כוח אדם מונה צוות מומחים, בראשותו של תת־אלוף (מיל') מיקי לוריא, שיבחן "בראייה מערכתית ורחבה את מערך הכליאה בצה"ל, בדגש על כליאה של כלואים בעלי מאפיינים ייחודיים".
